Era maestro de capilla de la catedral de Plasencia. Después de la muerte de Manuel Correa los canónigos de la catedral de la ciudad de Zaragoza votaron el 7 de noviembre de 1653 para elegir a Torres como su sucesor. Se ofrecieron tres razones para la elección de él sin necesidad de un examen personal: un informe decía que él era el mejor maestro de capilla de Castilla, que su música estaba mucho más al día que la de su rival, Luis Bernardo de Jalón de la catedral de Sevilla, y que estaba dispuesto a venir por un sueldo anual de 400 ducados. Pero después de amplia correspondencia parece haber desechado el puesto, o si llegó a asumirlo se fue antes de fines del año 1653. En 1654 se convirtió en maestro de capilla de la catedral de Salamanca.

El catálogo de 1649 de la biblioteca del rey João IV de Portugal registra un "Motete de Cuaresma" y cuatro villancicos españoles suyos, todos los cuales se han perdido. Una atractiva canción, "Lucinda, tus cabellos", se le atribuye a un Juan de Torres en el Cancionero Sablonara de 1625; si este es el mismo Torres, sobrevivió a cualquier otro compositor representado en la colección.

El archivo de la Seo de Zaragoza contiene un "Salve regina" para siete voces y bajo continuo, y dos villancicos de Juan de Torres instrumentalmente acompañados.